Για την απόκτηση του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης ΠΜΣΙ «Ερευνητική Μεθοδολογία στην Ιατρική και στις Επιστήμες Υγείας» σύμφωνα με το ΦΕΚ1567/20-10-2004 τροποποίηση ΦΕΚ1807/10-9-2007, ΦΕΚ 3492/29-12-2014 , 1154/3-4-2017 και 2742/10-7-2018 , οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να ολοκληρώσουν επιτυχώς τον κύκλο μαθημάτων των 4 εξαμήνων ο οποίος αντιστοιχεί σε 120 ECTS (Υ.Α. 67145/Β7, ΦΕΚ 1889/2007/B7). Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε 15 μαθήματα (Υποβάθρου-Γενικών γνώσεων, Επιστημονικής Περιοχής, Ανάπτυξης Δεξιοτήτων), που κατανέμονται ως εξής:
α) στο 1ο εξάμηνο (30 ECTS) 6 μαθήματα υποχρωτικά κορμού,
β) στο 2ο εξάμηνο (30 ECTS) 5 μαθήματα, 4 υποχρεωτικά κατεύθυνσης και 1 επιλογής κοινό και για τις δύο ειδικεύσεις,
γ) στο 3ο εξάμηνο (30 ECTS), 4 μαθήματα Επιλογής σύνολο 10 ECTS από τα μαθήματα και 20 ECTS από την έναρξη της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.
δ) στο 4ο εξάμηνο (30 ECTS) εκπονούν και ολοκληρώνουν τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασίας την οποία παρουσιάζουν δημόσια και ακολούθως εξετάζονται.
Το πρόγραμμα στοχεύει στην εξειδίκευση διαφόρων επιστημόνων στην Ιατρική Ερευνητική Μεθοδολογία, την εφαρμογή της Πληροφορικής και των νέων τεχνολογιών στην Ιατρική. Σκοπός του ΠΜΣ είναι να καλύψει την ανάγκη ύπαρξης υψηλού επιπέδου Μεταπτυχιακών Σπουδών στο Τμήμα Ιατρικής του ΑΠΘ, οι οποίες αποτελούν την απαραίτητη προϋπόθεση για την εκπόνηση διεθνώς ανταγωνιστικών διπλωμάτων εξειδίκευσης και διδακτορικών διατριβών. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές εκπαιδεύονται στην Ιατρική Ερευνητική Μεθοδολογία καθώς και σε εφαρμογές που προάγουν τη σύγχρονη ιατρική τεχνολογία αιχμής. Εκπαιδεύονται στην επεξεργασία δεδομένων με πολυμέσα, όπως σήματα ή εικόνες, στις επιστημονικές διαδικασίες για την απόκτηση γνώσης μέσα από την χρήση βιβλιοθηκών και βάσεων δεδομένων χρησιμοποιώντας σύγχρονα εργαλεία πληροφορικής, αλλά και σε πιο εξειδικευμένους και σύγχρονους ιατρικούς τομείς όπως η μοριακή βιολογία, η συστημική φυσιολογία κλπ. Εκπαιδευτικό αντικείμενο είναι η δημιουργία εξειδικευμένου επιστημονικού δυναμικού που θα μπορεί να διεξάγει ανταγωνιστική βασική, εργαστηριακή, κλινική, κοινωνική και εφαρμοσμένη Ιατρική Έρευνα. Η εκπαίδευση αφορά σε τρεις βασικές κατευθύνσεις εξειδίκευσης: Βασικής Ιατρικής Έρευνας, Κλινικής Ιατρικής Έρευνας, Κοινωνικής Ιατρικής Έρευνας.
Eπιπλέον της βασικής γνώσης της επιστήμης οι μεταπτυχιακοί φοιτητές αποκτούν την ικανότητα: 1) να εφαρμόζουν τη γνώση στην πράξη, 2) να αναζητούν, αναλύουν και συνθέτουν δεδομένα και πληροφορίες, κάνοντας χρήση της κατάλληλης τεχνολογίας, 3) να εργάζονται αυτόνομα ή σε ομάδα ή/και διεπιστημονικό περιβάλλον, 4) να προσαρμόζονται σε νέες καταστάσεις και να παίρνουν αποφάσεις, 5) να κατανοούν πληροφορία σε μια δεύτερη γλώσσα, 6) να παράγουν νέες ιδέες και επιστημονική γνώση, 7) να επιδεικνύουν υπευθυνότητα, 8) να αναπτύσσουν κριτική ικανότητα και 9) να προάγουν την ελεύθερη, παραγωγική και επαγωγική σκέψη.